Jährlich werden zwei grössere Sonderausstellungen gezeigt. Diese thematischen Ausstellungen im 2. Stock werden von einem umfangreichen Vermittlungsprogramm begleitet. Darüber hinaus werden mindestens zwei kleinere Ausstellungsprojekte organisiert. Eines davon ist jeweils eine Kooperation mit einer Partnerinstitution, das andere die Cabinet-Ausstellung im Foyer.
Im Cabinet werden Personen eingeladen, die über ein breites Interesse in dokumentarischen, historischen, künstlerischen, handwerklichen, wissenschaftlichen oder kuratorischen Tätigkeitsfeldern verfügen, um eine kleine Ausstellung einzurichten.
Die Dauerausstellung ermöglicht einen Überblick über die wichtigsten Sammlungsbestände des Museums, von den archäologischen Fundobjekten der Römerzeit über das Kettenhemd Herzog Leopolds III. aus der Schlacht bei Sempach bis hin zu den Alltagsgegenständen unserer Zeit.